Родился 4 сентября 1977 года в Днепропетровске (Красногвардейский район, м-н Шляховка). Футболом занимался с 7 лет. Вратарь сборной Украины. В 1993—1998 годах выступал за «Днепр» (Днепропетровск). В 1999—2000 годах — основной вратарь тираспольского «Шерифа». Сезон-2001 провёл в московском ЦСКА. Бронзовый призёр чемпионата Европы 1994 года среди юношей.
Обладатель Кубка Молдавии (1999).
15 августа 2001 года дебютировал в составе национальной сборной Украины — в товарищеском матче со сборной Латвии (1:0) Перхун сыграл второй тайм.
18 августа 2001 года в игре против «Анжи» в Махачкале при столкновении с нападающим Будуном Будуновым (Будун Будунов также получил тяжелейшую травму с потерей памяти, однако не только выжил, но и вернулся в большой футбол) получил серьёзную травму головы. Сначала травма казалась средней тяжести, Сергей был в сознании до конца матча. Но по дороге в аэропорт он впал в кому, повлёкшую клиническую смерть. Несмотря на все усилия врачей, 28 августа в 5:25 утра футболист скончался в московском институте нейрохирургии им. Н. Н. Бурденко.
Заключение врачей: «Тотальный отёк головного мозга, остановка мозгового кровотока с последовавшей за этим гибелью клеток головного мозга».
«В своём последнем прыжке вратарь летит к звёздам». Памятник С.Перхуну у входа в Днепропетровский институт физкультуры и спортаПохоронен 30 августа в Днепропетровске, на Запорожском кладбище. На похоронах Сергея присутствовало около 10 тысяч человек. Значительное количество болельщиков ЦСКА ранее посетило прощание с Перхуном в Москве, некоторые полетели в Днепропетровск. На гражданской панихиде присутствовали и фанаты «Спартака», и болельщики других клубов. На оставшихся матчах сезона ЦСКА болельщики выставляли на трибунах огромную футболку с номером и фамилией Перхуна.
Был женат, отец двух дочерей. Младшая родилась уже после смерти отца.
В 2005 году отец Владимир Сергеевич Перхун написал книгу «Мой сын — вратарь».
| 
